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Le Cryptomeria japonica est nommé Cèdre du Japon en français car son allure dans le milieu où il prospère naturellement, lorsqu'il est âgé, rappelle beaucoup le Cèdre de l'Atlas ou celui du Liban dont les exemplaires bicentenaires sont assez courants en France.
Son port est conique et ses branches sont dressées. Puis, avec l'âge, la cime se tasse et les ramifications descendent à l'horizontale, voire retombent pour les sujets les plus vieux.
Sa croissance est assez rapide et il atteint 3 à 4 m de hauteur par 2 à 3 m de largeur à 10 ans. Il grandit au-delà des 20 m de haut à maturité.